Além de ter sido o estopim do fim do casamento entre Katie Holmes e Tom Cruise, a cientologia também é apontada como responsável pelo afastamento entre Nicole Kidman e os dois filhos adotados durante o casamento com o ator. De acordo com o site americano Radar Online, membros da seita convenceram Isabella e Connor de que a mãe era uma sociopata logo após o fim do casamento com Cruise. "Eles eram submetidos diariamente a sessões de aconselhamento em que eram convencidos a se afastar da mãe", diz o ex-membro da igreja, Marty Rathbun, ao site. Cruise e Nicole se separaram em 2000, após dez anos de casamento.

Na época, Connor tinha 5 anos e Isabella, 8. A relação das crianças com a mãe adotiva tornou-se motivo de especulação desde o divórcio, quando Cruise conquistou a guarda dos filhos na Justiça, e eles deixaram de ser vistas com Nicole. Recentemente, Isabella contou à revista New Idea que restabeleceu os laços com a mãe. "Eu a amo, nos vemos às vezes e nos falamos também." Justamente para evitar o distanciamento da filha, Katie Holmes vai lutar para obter a custódia exclusiva de Suri, de 6 anos, para mantê-la afastada da influência da cientologia.

A atriz proibiu Cruise de ver a filha. Nicole foi a segunda mulher do ator e a primeira vítima da obsessão de Cruise pela cientologia, doutrina seguida por ele desde 1990, por influência de sua mulher na época, a atriz Mimi Rodgers.